Dalam menerapkan SMAP, pengadilan harus menerapkan pengendalian keuangan. Adapun pengendalian keuangan yang dimaksud juga termasuk dengan pengelolaan transaksi dan pendokumentasian yang dilakukan oleh pengadilan secara tepat sesuai dengan yang dipersyaratkan di dalam SMAP. Pengendalian keuangan adalah sistem manajemen yang diterapkan oleh pengadilan untuk mengelola transaksi keuangan sesuai dengan ketentuan dan mendokumentasikan transaksi tersebut secara akurat, lengkap dan tepat waktu. Hal-hal yang dapat dilakukan oleh pengadilan terkait pengendalian keuangan.
Langkah-langkah konkret dalam pengendalian keuangan antara lain adalah memastikan bahwa seluruh proses pengelolaan keuangan telah memiliki kebijakan tertulis yang mendasarinya, menyusun dan menerapkan Standard Operating Procedure (SOP) tentang pengelolaan dan pengendalian keuangan, menetapkan pejabat pengelola keuangan secara resmi melalui surat keputusan, menyusun dokumen anggaran yang mencakup sumber pendapatan, penggunaan dana, dan mekanisme pertanggungjawabannya, serta menyelenggarakan audit keuangan secara berkala oleh pihak yang berwenang.
Seluruh bukti pelaksanaan pengendalian keuangan ini menjadi elemen penting yang tidak bisa diabaikan karena menjadi indikator sejauh mana integritas dan akuntabilitas keuangan di pengadilan telah ditegakkan sesuai prinsip anti penyuapan. Dengan adanya dokumen yang lengkap dan sesuai prosedur, maka potensi praktik penyuapan atau penyalahgunaan dana publik dapat ditekan, bahkan dicegah secara sistematis.
Pengadilan sebagai institusi penegak hukum memiliki tanggung jawab besar untuk memberikan contoh dalam pelaksanaan tata kelola yang bersih. Oleh karena itu, implementasi SMAP tidak hanya menjadi kewajiban administratif, melainkan juga perwujudan komitmen moral lembaga terhadap prinsip transparansi dan akuntabilitas publik. Melalui implementasi ini, pengadilan diharapkan tidak hanya menjalankan fungsinya sebagai pemutus perkara, tetapi juga sebagai role model dalam pemberantasan korupsi di sektor publik, khususnya dalam hal pengelolaan keuangan yang bersih dan bebas dari praktik suap.